Bayinnaung sau đó đã lãnh đạo quân đội Miến Điện chống lại Ayutthaya với sự hỗ trợ của Maha Thammarachathirat. Người Miến Điện đã vây thành Ayutthaya, trong đó, Maha Chakkrapat bị ốm và chết (ngày 15 tháng 4 năm 1569, theo biên niên sử Miến Điện).[note 2] Mahinthrathirat lại chiếm ngai vàng. Mặc dù vài tháng nỗ lực, Ayutthaya đứng vây hãm. Bayinnaung sau đó đã hối lộ Phraya Chakri, một tướng Xiêm bị bắt, là gián điệp. Mahinthrathirat nắm lấy tướng lãnh quay trở lại với sự tin cậy và bổ nhiệm chỉ huy Phraya Chakri của phe bảo vệ Xiêm La. Phraya Chakri đã có thể đặt quân đội ít được đào tạo và không đủ năng lực ở phía trước cuộc tấn công của Miến Điện, và do đó đã bị đánh bại dễ dàng. Thành phố được lấy vào ngày 2 tháng 8 năm 1569,[note 3] Sau chín tháng.

Bayinnuang đã lắp đặt Maha Thammarachathirat làm vua Ayutthaya vào ngày 29 tháng 9 năm 1569,[note 4] Phụ thuộc vào Pegu. Mahinthrathirat cùng với gia đình và tầng lớp quý tộc đã bị bắt và đưa đến Pegu. Mahinthrathirat qua đời trong cùng một năm trên đường.